质谱分析平台主要对植物激素、氨基酸、类黄酮等小分子化合物定量分析、植物次生代谢小分子化合物的大规模样本定性、定量分析；高通量蛋白鉴定、蛋白质翻译后修饰位点分析、蛋白定量分析等工作。

质谱分析平台现有8台大型仪器，包括3台高分辨质谱仪（Thermo Scientific LTQ Orbitrap Velos Pro, AB Sciex TripleTOF™ 5600+和Agilent 7200 GC Q-tof）；3台三重四级杆质谱（AB Sciex QTRAP 6500+ , AB Sciex API 5500和AB Sciex QTRAP 4000)和2台液相色谱仪。

质谱平台对校内外用户开放共享，已在Cell、Nature Communication、Nature Genetics、Nucleic Acids Research等高水平杂志发表论文150余篇。

仪器设备：

Agilent 7200 GC Q-tof

Thermo Scientific LTQ Orbitrap Velos Pro

AB Sciex QTRAP 6500+

UltiMate 3000

AB Sciex QTRAP 4000

AB Sciex API 5500

代表性支撑成果：

1.糖基转移酶（Solyc10g085230）外显子上发现一个点突变造成提前终止，显著降低栽培番茄果实中茄碱物质的含量。通过两个主效的位点，能够将主要茄碱含量降低80%（Zhu et al.,Cell, 2018）。

2.芳香族酚胺基因簇—羟基肉桂酰酪胺（HT）基因簇，其终产物羟基肉桂酰酪胺的积累能够显著提高水稻对病害的抗性（Shen et al.,Sci Bull, 2021）。

3.利用广泛靶向代谢组学技术检测小麦籽粒中多种代谢物含量，通过全基因组关联分析解析一个黄酮修饰代谢路径（Chen et al.,Plant Biotechnol J, 2020）。

4. 体外酶活实验证实ms5ms6编码区的突变导致GhCYP703A2-A/D催化月桂酸生成链内羟基月桂酸的酶活丧失（Ma et al.,J Integr Plant Biol, 2022）。