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生物信息学技术平台
来源: 时间:2023-05-17

生物信息学技术平台有固定科研人员4人(教授4人),集群服务器管理人员1名,科研辅助人员4人,博士后5人,博士研究生30人,硕士研究生36人。承担科技部重点研发计划1项,国家自然科学基金面上项目2项、优秀青年科学基金1项,其它国家级人才项目等多项课题。生物信息平台支撑实验室,以及学校其他相关院系科学研究,集群服务器2022年使用量1900多万CPU机时,与重点实验室多个课题组合作,为师生提供各层次的技术服务上百人次。

平台研究内容:围绕绿色农业和生命健康重大需求,开发多组学和生物信息学平台和分析方法,为作物功能基因组研究和遗传改良提供支撑。

张建伟课题组网站:https://zhang.hzau.edu.cn

生物信息高性能计算平台:计算平台专注为实验室及全校用户提供高通量测序数据的存储和计算服务,平台由155个刀片计算节点、2个GPU节点、6个八路大内存胖节点、多套并行存储组成,理论计算峰值380万亿次,CPU核心数5600核;可用存储9PB。用户可使用本平台进行转录调控测序、单细胞测序、三维基因组测序等各类常见组学数据分析;可加速大规模重测序数据分析、复杂大基因组组装注释等需消耗大量资源的分析项目。

生物信息计算平台网站:http://hpc.ncpgr.cn/

仪器设备:

代表性支撑成果:

1.玉米代明球课题组联合李林、李峰课题组利用多组学和基因编辑策略,详细阐述了玉米产量和抗性平衡的遗传与分子机制,为种业高抗高产遗传育种奠定了坚实的理论基础(Sun et al.,Nat Biotechnol, 2022)。

2.玉米严建兵课题组联合中国农大发现玉米KRN2和水稻OsKRN2受到趋同选择并通过相似的途径调控玉米和水稻的产量,并通过全基因组选择分析解析了玉米和水稻趋同选择的遗传规律。该研究为作物驯化的机理解析和未来作物育种奠定了重要理论基础(Chen et al.,Science, 2022)。

3.棉花张献龙课题组构建了一个渐渗系群体用来将海岛棉中感兴趣的染色体片段引入到陆地棉种,并基于这个群体鉴定到了13个与纤维质量相关的数量性状位点。该研究的遗传资源将会加速棉花的演化和功能基因组学研究,并且加快未来棉花纤维改良的育种项目( Wang et al.,Nat Genet, 2019)。

4.水稻周道绣课题组研究首次在植物中鉴定了组蛋白巴豆酰化(crotonylation)和丁酰化(butyrylation)两种修饰,并研究了它们与组蛋白乙酰化(acetylation)修饰在饥饿胁迫和淹水胁迫下的动态变化及在基因调控中的相互关系(Lu et al.,Genome Biol, 2018)。